まっすぐみつめて ( 〆 )

いえいえ、褒めて頂き光栄です！
そうなんですよね、前科がありますからね笑

携帯関連ですと後者の誤送信が良いのではないかと。切羽詰まった状況となると、やはり組織関連ですかね。きっかけとしては偶々灰原の写る写真が探偵団によってネットに載せられ、幼少期の宮野姉妹を知っている組織の一員（ジン反発派←）がそれを発見。居場所を突き止められある日誘拐される。阿笠邸の隣が工藤邸という事もあり、何かしら繋がりがあると踏んだ人物はコナンの携帯に「シェリーを返して欲しければ一人で姿を現せ」的な内容を灰原の携帯から送信。
その後、元の姿に戻る為に解毒剤を用意してほしい旨のメールをコナンの携帯から博士に送るつもりが時間がないからなどの理由から送信先を確認もせずに蘭に送信。

不審に思った蘭はコナンの跡をつけ阿笠邸に入るのを確認し、中に入るか躊躇っているとコナンの代わりに姿を表したのは新一で。（たぶん、この時に誤送信案件は気付いているかと）
無事に事件を解決し灰原と共に阿笠邸へ戻ると、何やら博士が気まずそうにしており、なんだろうかとリビングへ目をやると愛しの恋人の姿が──！
事件解決でホッと一安心していたせいで、完全に自分の置かれている最悪の状況を忘れており普段通り振る舞うも無理があり。更には薬の効果が切れるサインが出始めて、立ち去る事も出来ずに蘭の目の前でコナンの姿になってしまい…

みたいな流れを考えてみましたが如何でしょうか？
事件解決に至っては、コナンの正体に感づいている昴さん（赤井さん）が協力してくれて、新一が撃たれそうになった為に仕方なくライフルで射殺。コードネームも与えられていない人物の単独的犯行だった為、直接的な組織関与も無く解決にすれば良いかなと。